甲鱼虽然具有丰富的营养价值，但在食用甲鱼时也要注意甲鱼与其他食物的相克性：
甲鱼不宜与桃子、苋莱、鸡蛋、猪肉、兔肉、薄荷、芹菜、鸭蛋、鸭肉、芥末、鸡肉、黄鳝、蟹一同食用。
甲鱼与猪肉：因为猪、兔、鸭之肉都属寒性，而甲鱼也属寒性，所以二者不宜配食。
甲鱼与苋菜：苋菜味甘，性冷利，令人冷中损腹，而甲鱼亦性冷，二者同食难以消化，可能会形成肠胃积滞。
甲鱼与芥末：芥末气味辛热，能温中利气，白芥末辛烈更甚。与甲鱼肉同食，冷热相反，于人不利。所以甲鱼不宜加芥末作为调味品。
甲鱼与鸭蛋：鸭蛋性属微寒，而甲鱼也是寒性食物，所以从食物药性学角度来说，二物皆属凉性，不宜同食，特别是对素质虚寒的人来说，更应忌同食。
甲鱼与芹菜：二者同食可使蛋白质变性影响营养吸收。
甲鱼与橘子：甲鱼富含蛋白质，橘子中含有果酸，二者同食，会使蛋白质与果酸结合，使蛋白质凝固，不易吸收。
甲鱼与黄鳝、蟹：孕妇忌食，吃了会影响胎儿健康。
死甲、变质的甲鱼不能吃;煎煮过的鳖甲没有药用价值。
生甲鱼血和胆汁配酒会使饮用者中毒或罹患严重贫血症。
