如果女性在怀孕期间，出现甲状腺功能减退症没有得到治疗，或者在胎儿期间出现甲状腺发育异常，新生儿出生后，可能会出现先天性甲状腺功能减退症，也称为呆小病、克汀病。所有新生儿在出生后2~4天内接受甲状腺减少筛查，取足跟血检查促进甲状腺激素(TSH)浓度，超过15~20mU/L时，检查总甲状腺激素(T4)和TSH，确诊。
如果新生儿促甲状腺激素(TSH)明显上升，血清总甲状腺激素(TT4)和血清游离甲状腺激素(FT4)下降，可以确定先天性甲状腺功能减退症。T4和TSH低时，应考虑下丘脑甲减少或垂体甲减少，进行TRH兴奋试验。如果没有高峰，提示垂体病变。TSH峰值极高或时间延长时，提示下丘脑病变。诊断中枢性甲状腺功能减退时，应测量其他垂体荷尔蒙水平，以便明确该病只有单独存在或垂体功能减少。
先天性甲状腺功能减退症应早诊断，早治疗，避免对脑发育造成损害。新生儿期开始治疗，智力不受影响，3个月内治疗，智力大部分正常，6个月后开始治疗，智力有明显影响。新生儿甲减开始治疗2~4周以内，T4上升到正常度，6~9周内TSH下降到正常范围。
单纯的新生儿促甲状腺激素偏高，不能盲目依靠单一数值的波动来判断新生儿的异常，最好做一个全面的检查，确定甲功能相关的其他指标是否有异常。父母也可以根据新生儿的体征立即判断。需要注意的是，有严重窒息、难产等明显周围生期异常的新生儿，TSH生理上升，需要鉴别。
