引起便秘的原因可以分为功能性和器质性两大类。所谓功能性便秘就是说排便的生理机能因某些原因发生了失调或紊乱，不能正常地按时把粪便排出体外，其常见原因有：
（1）精神神经因素：因为排便动作是受大脑皮层随意控制的动作，人可以随意地延长排便时间。在工作繁忙或没有适当的排便场所或条件时，通过脑皮层或植物神经系统，随意和不随意的反射活动可以缓解便意，粪便通过直肠向上逆行蠕动返回乙状结肠，暂时不排便。这种对排便活动的随意控制能力，有利于人们适应环境的变化，养成定时排便的习惯。然而，如果排便时间经常随意延长，直肠壁上的神经细胞会在排便进入直肠后产生压力，这是直肠停留时间而不引起排便反射的主要原因。这样，就形成了所谓的习惯性便秘。许多人的便秘是因为忽略了及时的排便。一些肛病，如肛裂、痔疮等，患者怕大便时疼痛、脱落、出血，常有意识地控制、延长大便时间，也会产生这种习惯性便秘。情绪紧张、忧虑、注意力集中在某项工作上，或者精神上受到强烈刺激、恐惧时，便意消失，形成习惯性便秘。抑郁型精神病和癫痫患者经常便秘，也属于这个范围。中风、结核性脑膜炎、流行性脑膜炎、脊髓损伤、脊髓损伤、断裂的患者多为暂时大便失禁，便秘和排便困难。
(2)胃肠道整体运动缓慢，营养不足，特别是b族维生素不足，慢性阿片中毒，甲状腺功能减退等，可影响胃肠道整体正常蠕动，延长食物时间，运动缓慢引起便秘。
(3)肠道刺激不足，吃得太少，食物纤维素和水分不足，肠道不能形成一定量的刺激，肠道蠕动，立即将食物残渣推向直肠。进入直肠后，由于量少，无法产生足够的压力，刺激直肠壁的神经感觉细胞，引起排便反射，引起便秘。
(4)排便动力不足。排便时不仅需要肛门括约肌的舒张，提肛肌的向上向外牵拉，而且还需要膈肌下降，腹肌收缩及大腿肌收缩来加强排出。人们用力排便时，常常暂时屏气（停止呼吸），通过以上肌肉的收缩使胸内压和腹内压急剧上升，来推动粪便排出。因病、因年老体弱、或妇女生育使腹壁松弛、肛门手术使肌肉损伤后，膈肌、腹肌、提肛肌收缩力减弱，使排便动力缺乏，也会引起便秘。
（5）肠壁的反应性减弱。肠壁内的神经细胞受到炎症、痢疾等引起腹泻的刺激时，为了对抗腹泻，维持人的正常生理，应激减少粪便活动。所以患肠炎、痢疾等发生腹泻后，常常有短时期排便减弱性便秘。经常服用泻药或灌肠等，也可使肠壁应激性减弱，虽然受到足够的刺激，也不能适时地引起排便反射，反而使便秘更加严重。
(6)铅、砷、汞、磷等中毒，服用碳酸钙、氢氧化铝、阿托品、普鲁苯辛、阿片等药物可引起便秘，称为药物性便秘。
所谓器质性便秘，即腹腔内、大肠、肛门内出现器质性病变，有障碍或影响粪便正常通过和排出，引起的便秘。大肠肛门良性和恶性肿瘤、慢性炎症等引起的肠腔狭窄变小，巨结肠引起的直肠痉挛变小，手术后并发的肠粘连、部分性肠梗阻等腹腔内巨大肿瘤，如卵巢囊肿、子宫肌瘤、妊娠、腹水等压迫大肠，粪便通过困难这种便秘是由器质病变引起的，需要手术等解除病因，治愈便秘。
