出血性肠炎发病急，最常出现的最初症状是突然腹痛，多在脐周。病初常表现为逐渐加剧的脐周或中上腹阵发性绞痛，其后逐渐转为全腹持续性痛，并有阵发性加剧。腹痛发生后即可有腹泻。粪便最初是糊状的，有粪质，然后变成黄水样，然后变成白水样，变成红豆汤和果酱样，变成血状和暗红色的血块，粪便少，变成恶臭。
出血量不定，轻者只有腹泻，粪便隐血阳性无便血严重者一天出血量达数百毫升。腹泻和便血时间短的只有1~2天，长的可达1月馀，间歇发作，多次发作。腹泻严重的人可以脱水或代谢性酸中毒。此外，恶心呕吐通常与腹痛和腹泻同时发生。呕吐物可为黄水样、咖啡样或血水样，亦可呕吐胆汁。
发病后全身不适、虚弱、发热等全身症状。发热，体温一般在38～39℃，少数可达41～42℃，但发热多于4～7天渐退，而持续2周以上者少见。有极少情况会出现腹部饱胀、见到肠型。在这种情况下，脐周和上腹部有明显的压痛。早期肠鸣声可以亢进，然后可以减弱或消失。
