对于阿米巴结肠炎，选择抗阿米巴药物的原则不仅要消除症状(消除滋养体)，还要消除感染性(消除包装)，彻底治愈患者，消除感染源。过去常用依米丁(吐根素)和喹碘方(或卡巴砷)的合并疗法，现在仍然适用。近十多年来，一些新药用于临床，疗效好，毒性小。
一、抗阿米巴药物应用
1、甲硝唑（metronidazol，灭滴灵，flagyl） 对阿米巴滋养体和包囊都有效，很少毒性作用， 已为国内外广泛采用。剂量3次/d，每次mg，连服5～10天，可取得90%左右的疗效。有些治疗 效果不好，可能和用量较小，致使肠腔达不到有效浓度有关。
2、替硝唑（甲硝磺酰咪唑）能杀灭 阿米巴滋养体，对包囊也有一定的作用。剂量2次/d，每次g，连服3～5天，可获90%以上的疗效 ，副作用有腹部不适、恶心、呕吐、便秘或腹泻，但出现率低且较轻。对心、肝、肾、血没有不良影响。
3、二氯尼特(二氯散糠酸酯)对肠道滋养体和包装有效。3次/d，每次mg，连 服10天，疗效在80%左右。副作用可有胃肠胀气。没有看到毒性的作用。
4、氯苯草酰胺 （etophamide）的特点是口服不吸收，杀虫效力比甲硝唑高。天口服20mg/kg，可获得80%左右的疗效，目前临床应用报道还不多。
二、对症下药和支持疗法
患者应注意休息、流质饮食、不能进食者输液。
