阿米巴结肠炎的慢性患者贫血和营养不良。另外，肠壁组织在紧急、慢性期受损，可引起以下合并症。
1、肠穿孔引起腹膜炎
254例阿米巴痢疾患者报告，手术和尸体解除证明肠穿孔患者19例，7.48%。据报道，3013例中97例发生腹膜炎(3.2%)，发生率不高，但预后差。
2、阿米巴性阑尾炎
186例阿米巴患者尸解报告中，40%有阑尾炎。报告60例中26.67%合并有阑尾炎。发生率确实很高。因此，在阿米巴高发地区，许多急腹症是由阿米巴性阑尾炎或阿米巴性阑尾穿孔引起的。
3、肠狭窄
慢性阿米巴结肠炎病人，肠壁组织增生、肥厚以及阿米巴肉芽肿形成，导致狭窄。少数患者形成肠梗阻需要手术治疗。
4、阿米巴瘤
报告的3013例患者中，15例发生了阿米巴瘤(0.5%)。
5、非特异性溃疡性结肠炎
阿米巴原虫彻底消灭，变成非特异性溃疡性结肠炎。
此外，肠道大出血、肠息肉、肠套叠等罕见。
