1、阿米巴肠穿孔
发生率为1%~4%，阿米巴尸检患者肠穿孔率为3%~20%。急性穿孔多发生在盲肠、阑尾、升结肠，其次是直肠、乙状结肠交界处，多发生于有急剧症状的阿米巴痢疾患者。穿孔后发生弥漫性腹膜炎，病情危险。应尽快进行手术治疗。
2、阿米巴阑尾炎和阑尾脓肿
因为阿米巴肠病容易发生在盲肠，所以很多机会卷入阑尾。结肠阿米巴病的尸检病例中，发现4.0%~6.2%有阿米巴阑尾炎，形成脓肿和穿孔。单纯的阿米巴阑尾炎很少见。其症状类似于细菌性阑尾炎，在手术中发现病变不仅仅是阑尾，盲肠壁增厚、浮肿。在这种情况下，不仅处理阑尾的障碍，术后也容易形成阑尾的障碍。
3、阿米巴肉芽肿病变
多见于盲肠，其次为乙状结肠、降肠和直肠。5%~10%是多发性的。初期无症状，病情发展后出现局限性腹痛、腹泻、发热等症状。增生的肉芽肿缩小肠腔，可引起肠梗阻、肠套叠、大出血、肠壁穿孔、腹壁穿孔形成内外瘘等。接触诊断局部压痛以外，可接触硬块。x线钡剂灌肠检查显示填充缺陷和肠腔狭窄。肠壁阿米巴脓肿和肉芽肿突入肠腔，形成锯齿状的影子。乙状结肠镜检查显示粘膜增厚，肿物呈葡萄状突入肠腔，附近散落的肉芽组织和溃疡较多。自溃疡底部采取标本行活组织检查，阿米巴滋养体检出率较高。阿米巴肉芽肿易误诊为肠道肿瘤，经术后病理检查发现阿米巴原虫方能证实诊断。阿米巴病经药物治疗后，遗有瘢痕性绞窄或内、外瘘，应予手术治疗。
4、结肠癌或直肠癌
慢性阿米巴肠病可能与结肠癌、直肠癌同时存在，有人认为可能是慢性炎症对肠道刺激所致，炎症性息肉也有利于癌变。
5、消化道出血
阿米巴原虫顺肠长轴向两侧扩展，致肠壁大量组织溶解，病变可深达浆膜层，腐蚀大的血管时，可以引起大量肠出血。患者排便次数增加，血便、严重者无力、脉速、血压下降。
