肉芽肿性前列腺炎的发病率与局部强烈的异物反应有关。前列腺导管阻塞是主要因素，包括细菌感染引起的炎症过程或外科创伤引起的组织坏死，前列腺增生也可能引起或加重前列腺导管阻塞。感染和炎症破坏导管和腺上皮，细胞碎片、细菌毒素和前列腺分泌物进入组织间隙，成为基质内的异物，刺激肉芽肿炎症反应。肉芽肿炎症可能有限也可能涉及整个前列腺。炎症缓解缓慢，大约需要2~3个月，局部被纤维结缔组织取代，纹理发生变化。专家根据病因将肉芽肿性前列腺炎分为四类：
非特异性占70%，常继发于近期尿路感染。
2.尿道术后或针吸活检后占24%。尿道手术包括TUR-P和TUR-Bt，半数在术后6个月内发病。
3.特异性占3%。病原微生物包括细菌、结核菌、布氏杆菌、梅毒螺旋体、病毒和真菌。其中，膀胱肿瘤电切术后灌注卡介苗和肉芽肿前列腺炎的发病率为0.9%～1.3%，仅次于膀胱炎和发热。也有人对膀胱灌注卡介苗患者的前列腺进行病理检查，发现该病的发病率其实很高(41%~75%)。从开始灌注到发现该病平均需要1年左右(3~25个月)。
4.系统性肉芽肿病占3%，是前列腺局部累及全身多器官的肉芽肿病，包括过敏性肉芽肿病(Churg-Strauss综合征)和Wegener肉芽肿。前者通常与多器官肉芽肿和哮喘有关，也被称为嗜酸细胞肉芽肿前列腺炎，因为肉芽肿中有明显的嗜酸细胞浸润。后者是一种遗传性疾病，多合并呼吸道肉芽肿和脉管炎。
