鲜黄花菜中所含的“秋水仙碱”这种物质，有毒，经过肠胃道的吸收，在体内氧化为“二秋水仙碱”，具有较大的毒性。所以在食用鲜品时，每次不要多吃。由于鲜黄花菜的有毒成份在高温60度时可减弱或消失，因此食用时，应先将鲜黄花菜用开水焯过，再用清水浸泡2个小时以上，捞出用水洗净后再进行炒食，这样秋水仙碱就能破坏掉，食用鲜黄花菜就安全了。
食用干品时，消费者最好在食用前用清水或温水进行多次浸泡后再食用，这样可以去掉残留的有害物，如二氧化硫等。
不过，如果是干黄花菜的话，只要浸发后就可以放心的烹调各种美味佳肴，而且因其含有丰富的卵磷脂，对增强和改善大脑功能有重要作用，还能清除动脉内的沉积物，对注意力不集中、记忆力减退、脑动脉阻塞等症状有特殊疗效，如果有上述症状困扰的人群可以适量食用。
