砂仁味辛、温，归脾、胃、肾三经。作为一种性温和的中药，它主要适用于滞食积，呕吐泄泻，饮食少进；或脾胃虚弱，冷滑下痢不禁；或妊娠呕吐，胎动不安，先兆流产；或气逆作咳，痰多喉痒，呼多吸少等症状，具有化湿开胃，温脾止泻，理气安胎的功效。
砂仁全身都是宝，叶、花、根、茎均可入药。功效有所相同，但又有所侧重。叶、茎可提炼出植物油，暂命名为“砂仁叶油”，外用对唇周疱疹、皮肤湿疹、体癣有确实的效果，有较强的抗病毒，抗真菌作用。花对消化道的作用稍弱，但有较好的疏肝解郁、行气宽胸功效，用于肝胃不和的胸胁苦满，嗳气吞酸，经前乳胀、痛经。根部止痛止呕效果不及砂仁，但其安胎功效则优于砂仁，用于妊娠胎动不安，先兆流产或习惯性流产。因为功效非常多样且显著，所以砂仁在药用领域的应用十分地广泛。
