有些人认为腹泻一定是胃肠道细菌感染，所以一旦腹泻使用抗生素治疗，如黄连素、庆大霉素、环丙沙星、氟沙酸等。滥用的结果是引起不同程度的胃肠道副作用，如恶心、呕吐、食欲不振，甚至影响肝脏、肾脏和造血功能，其中广谱抗生素引起的胃肠道副作用较为严重。据专家介绍，痢疾和部分大肠杆菌感染引起的肠炎确实是细菌感染，治疗时应使用抗菌药物。然而，腹泻并不一定是由胃肠道细菌感染引起的，如腹部感冒引起的肠蠕动加速；对乳制品、鱼、虾等食物过敏引起的肠道过敏反应；这种腹泻没有细菌感染。
还有一些腹泻，如婴儿秋冬腹泻，成人和儿童夏季"流行性腹泻"霉菌性肠炎通常不属于细菌感染。其中，婴幼儿秋冬腹泻和夏季腹泻"流行性腹泻"它是由病毒感染引起的，霉菌性肠炎是由一种与各种普通细菌特征完全不同的霉菌引起的。
由于病原体不同，治疗方法不应完全相同，不得随意服用抗菌药物，而应及时就医。
