目前对于卵巢妊娠的病因，还没有确切的研究结论，但不能排除下列因素：
一、排卵障碍。一些妇科疾病会引起排卵障碍，比如说盆腔炎等。这些炎症会引起盆腔及周围组织发生黏连，使卵子排出受阻。
二、输卵管管受到损伤。常见的就是因为一些外部因素或先天发育造成的输卵管皮纤毛无法正常活动，或者是引发输卵管内蠕动，导致受精卵输送路径异常。
三、输卵管表面条件利于受精卵着床。当卵巢产生蜕膜组织时，或者其表面有内膜异位症病灶，这些都有利于受精卵的着床。
四、机会论学说。这种情况就是说，游动的精子精子恰巧发现了卵巢表面有一个可以与她结合的卵子，这相互结合，发生卵巢妊娠。
五、放置宫内节育器。放置宫内节育器，改变了宫腔内的环境，刚好遇到了前列腺素增加，或者是输卵管逆蠕动，引起了卵巢妊娠。
六、辅助生育技术。体外受精的胚胎移植到女性体内后，容易发生异位妊娠。
