羊膜穿刺并不是做的越多越好，在一定程度上还会有一定的风险，因此孕妈妈在了解宝宝状态的时候也要了解羊膜穿刺的风险程度。
羊膜穿刺术已被用于30年的产前诊断。无论诊断的准确性和安全性，它都得到了医学界的认可。羊膜穿刺术的困难因人而异，主要与胎盘的位置，胎位，穿刺部位的羊水量以及胎儿活动有关。大约2％到3％的怀孕妈妈在穿刺后会有轻微的子宫收缩和阴道流血，通常在休息或胎儿治疗后缓解。只有约0.5％的怀孕妈妈会患有羊膜炎症，破膜和流产。
由于穿刺目前是在超声引导下完成的，因此对胎儿的损害可能很小。此外，羊膜穿刺术用于妊娠16周至22周的胎儿产前诊断，此时胎儿的胎体，四肢等已完成，因此不会造成胎儿畸形。可能有阴道血液，羊水溢出或子宫持续收缩，约有2％的孕妇发生这种情况。通常不需要特殊治疗，对妊娠过程无不良影响。与羊膜穿刺手术有关的自然流产约占0.3％至0.5％。
