由于肠腔中粪便的存在会严重影响结肠镜的诊断和治疗，因而在接受结肠镜诊治时一定要保持肠腔的清洁，所以之前的肠道准备非常重要，结肠镜诊治的成败与肠道准备的好坏密切相关。
在接受结肠镜诊治前，医生通常会先询问病情、进行体格检查、阅读已经作过的影像学资料如钡剂灌肠的X光片(如果有)等，然后告知患者做结肠镜的目的、意义和注意事项，并签署知情同意书，最后会安排好诊治的日期并说明诊治的地点。在注意事项中医生会特别强调清洁肠道的重要性。
在结肠镜前准备方法上，经历了单纯饮食准备、灌肠清洁法、口服泻药等探索过程。单纯饮食准备和灌肠清洁法常因粪便残留而影响进镜和观察，目前已经很少用。口服泻药的清肠效果比较好，但一般在服用泻药前即在确定诊治的日期前3天就应该调整饮食。
具体做法是：诊治前3天吃少渣半流质饮食，不吃蔬菜、水果、干果，尤其是有籽或核的食物。前1天吃无渣的低脂、细软、流质饮食，如米汤、藕粉等，不饮牛奶。上午诊治的当日早餐要禁食，下午诊治的当日早餐可吃少量流食。可供选择服用的泻药有：
1、番泻叶：用法：9克冲水1000毫升，操作前5小时代茶饮。优点是价格低，缺点有黏膜刺激和腹痛、恶心、乏力等。
2、甘露醇：用法：诊治前2小时口服20％甘露醇250毫升，然后快速饮入5％糖盐水500毫升。优点是对大肠黏膜无刺激作用，饮水量较少，患者易于接受。缺点是可在大肠分解细菌产生可燃气体氢和甲烷，遇热如电凝治疗时容易爆炸。
3、硫酸镁：用法：诊治前4小时口服50％硫酸镁100毫升，然后1小时内口服温开水2000毫升。优点是价格低，缺点有腹痛、呕吐、烦渴等，重症者会有心跳减慢，血压下降，肠道出血及对本药过敏者禁用，严重心血管疾病、呼吸系统疾病和严重肾功能不全患者慎用。
4、电解质液：用法：电解质粉(商品名有舒泰清、福清净、和爽等)按照说明书溶于水，在诊治前5小时按规定饮用，一般要在2小时内饮用3000毫升溶液。优点是肠黏膜无炎症反应，安全，不易脱水。缺点是饮水量多，有些病人不能按量饮用而致肠道清洁不理想。
另外，在准备期间应注意睡眠和休息，如果有头晕、心慌和出冷汗等低血糖症状应饮糖水或静脉输入葡萄糖。
