经结肠镜检查后可能会因空气积聚于大肠内而有腹痛、腹胀等不适，这时轻揉腹部帮助排气后，通常会在一小时內消失。如腹胀明显，应及时告诉医生或护士以便做相应的处理。检查后可以进普食或根据医嘱进食。
经结肠镜治疗时(如切息肉、EMR、ESD等)一般需要住院，治疗后首次大便可能会带少量血液或发黑，属正常。如果之后的多次大便都有血液，且出血量多时应及时向医务人员汇报以便早期确定有无穿孔、出血等并发症，进一步做相应的处理。治疗后要静养，卧床休息1天，三天内不能剧烈运动，也不能泡澡。饮食上要按照医嘱执行，一般第一天要禁食接受静脉输液，第二天后逐渐可饮水、进流质食物，第四天可进普食，可出院。
做无痛结肠镜者另外需注意：诊治后的前3个小时内需有成人陪护，以保证麻醉苏醒过程的顺利；诊治后12小时内不能饮酒，因酒精会增强麻醉药的作用；诊治后24小时内最好不要做需要精算和逻辑分析的工作，也不要签署重要的文件；诊治后24小时内不能驾驶机动车辆、进行机械操作、从事高空作业和其他有危险性的工作，以防意外。
