肺部真菌感染不能自愈，需通过抗真菌治疗、对症治疗、手术治疗等方法规范性治疗，病情可逐渐痊愈。
1、抗真菌治疗
抗真菌治疗，主以应用抗真菌感染敏感度较高的药物治疗为主，药物种类包括：多烯类、三唑类、棘白菌素类。多烯类药物包含两性霉菌在内，抗真菌感染作用明显，但是肾毒性较大，不可长期应用；三唑类药物包括：氟康唑、酮康唑、伊曲康唑；棘白菌素类药物主要为卡泊芬净。
2、对症治疗
低氧血症患者应给予氧疗或呼吸支持，维持血液内氧气饱和度；咳嗽患者应酌情应用镇咳类药物；量较多者或伴有浓痰者，给予祛痰、气道雾化治疗，促进排痰；发热患者应选择物理性降温或酌情服用退烧类药物。
3、手术治疗
手术治疗适应症为：合并有肺脓肿、肺大泡、脓胸、慢阻肺等并发症患者。
