如果人体当中只是少量的缺乏镁元素，表现不出任何症状，如果是缺乏严重的患者，其所表现出的症状也没有什么特异性，所以低镁血症在临床上还是比较难以识别的。
低镁血症可致患者肌肉无力，痉挛抽搦，患者时常有眩晕的感觉，部分患者还会有肌纤维正常的现象，观察患者表情可见其表情冷漠，这些和人体缺钙的症状非常相似，其手臂毛细血管脆性呈阳性。部分患者还会有眼球震颤的感觉，吞咽动作像是受到了某种阻力而产生障碍，刺激患者的皮肤或粘膜时一些患者反应强烈，而一些患者则截然相反，严重者会发生惊厥，昏迷。低镁血症还会对患者的精神方面造成影响。
低镁血症患者严重者会诱发心脏异常，比如说心率失调，诱发心衰等等。低镁血症会使患者体内的糖耐量异常，引起患者动脉粥样硬化等。另外一些低镁血症患者还会因为长时间的缺镁而导致骨质疏松，或是骨质软化。
