禽流感患者多数轻症病例预后良好，无后遗症。有些病例病情发展迅速，出现重症肺炎、急性呼吸困难综合征、肺出血、胸腔积液、全血细胞减少、多器官功能衰竭、败血症、休克和Reye综合征等多种并发症，可致死。常见并发症包括:
原发性病毒性肺炎:多见于原心肺病患者，肺病变主要是浆液性出血性支气管炎，患者多死于心力衰竭和周围循环衰竭。
继发性细菌性肺炎:最常见的病原菌是肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌和流感嗜血杆菌，患者病情逐渐恶化，或者暂时改善后临床症状进一步恶化，咳嗽、咳嗽、脓痰，肺部实变体征出现，x线发现肺部有片状和斑片状影。
心肌炎:据报道，流感病毒性肺炎可以并发心肌炎。
