影响人体癌胚抗原水平的因素很多，不良生活习惯、炎症性病变、异物增殖会在一定程度上增加癌胚抗原。这些因素可以增加癌胚抗原指数，但有一定的限度。癌胚抗原变动幅度大的主要原因是癌细胞繁殖。
通常，不良饮食、生活习惯、不良习惯导致癌胚抗原指数上升不超过10个基本部门。非癌症病理因素导致癌胚抗原上升一般不超过20个基本单位。细胞繁殖引起的癌胚抗原增高最高可达基本单位数十倍。即癌胚抗原指数12.5ng/ml，证实患者身体可能受到非癌症病理因素或癌细胞繁殖的影响。
致癌胚胎抗原指数大幅上升的疾病主要包括炎症性疾病、增生性疾病、器官退化性疾病三种情况。炎症性疾病主要包括结肠炎、肝炎、肾炎、肺炎等，增生性疾病包括直肠息肉等，退化性疾病主要包括肝硬化、肾衰竭等容易引起内脏器官纤维化的疾病。
值得注意的是，人体中癌胚抗原含量可能会受到疾病的影响提高，但癌胚抗原检查不一定阳性。即使是肿瘤细胞产生的癌胚抗原，在检查中表现阳性的概率也只有50%左右。其他慢性病因素诱发的癌胚抗原阳性概率更低。
还有一种特殊情况，是患者在进行肿瘤切除手术之后，体内癌胚抗原水平逐渐降低，直至恢复到标准以下。这个过程通常会在手术前后3-6周内出现。从数百个单位的癌胚抗原水平降低到5个单位以下的癌胚抗原水平，其间可能会出现癌胚抗原指数12.5ng/ml的情况，证明患者的身体正在逐渐恢复。但是，癌胚抗原恢复到标准线以下后，有再次上升的倾向，每升血液中癌胚抗原含量达到12.5ng/ml，证明癌症复发的可能性。
