结缔组织性肠炎病因多因素，其发病与免疫失调有关。
1、硬皮病患者多为小肠疲劳，小肠病理变化肌萎缩，粘膜下层、肌层和胶膜层斑片状胶原纤维沉积，粘膜固有膜浸润慢性炎细胞。
2、皮肤炎时小肠有一定程度的扩张和分节变化，伴随着低动力和通过时间的延长。肉眼可见肠壁浮肿，增厚。镜检显示多处粘膜糜烂、粘膜下层浮肿、肌肉萎缩、纤维化伴淋巴和浆细胞浸润。从肠道粘膜下层到浆膜层的小动脉、小静脉内膜的厚度容易形成血栓和管腔闭塞。
3、系统性红斑狼疮肠道损害主要表现为血管炎结果，纤维蛋白样变性、血栓形成、出血和缺血，主要侵害肠道粘道底层、肌层和肠系膜小动脉、小静脉。
4、结节性多动脉炎可以累及肠道的任何部位，但主要是侵犯肠系膜中、小动脉及粘膜下层及肌层小动脉，其次是小静脉。损害呈节段性分布，管壁各层受到影响。组织学的特点是纤维蛋白变性、坏死和血栓形成，伴有炎性细胞浸润。
5、类风湿性关节炎也可并发小肠吸收不良、脂肪泻和选择性乳糖耐受不良。吸收不良是由并发小肠淀粉样品变性引起的，也有肠胃蛋白质的损失。
