细菌是牙周炎最主要的发病因素，所以治疗牙周炎的关键在于控制细菌。
通常，牙周炎的治疗分为四个阶段。
第一阶段为基础治疗阶段，目的是选择牙周病的常规治疗方法，清除或控制临床炎症和咬入原因，教授患者如何保持口腔卫生，拔除预后差异和不利修复的牙齿，清洁牙龈，清除牙龈下的菌斑、牙石，选择抗菌药物控制炎症，咬入下巴通过彻底的局部治疗，停止牙周组织破坏的过程，将病变转移到静止期。同济大学附属口腔医院牙周病、粘膜病科何园
第二阶段为牙周手术治疗和牙齿松动固定。
第三阶段是永久修复治疗，一般手术后2~3个月进行。
第四阶段是复查复治阶段，每半年检查一次菌斑控制情况、卫生宣传、照片检查，制定更多治疗计划。
牙周炎治疗成功与否关键有两点，一是周密的治疗计划和医生细致、精湛的治疗。二是患者坚持良好的自我菌斑控制。后者比前者更重要。否则，医生的工作会加倍，疾病也会再次发生。
一般情况下，如果患者能持良好的自我菌斑控制，很多患者对治疗有明显的效果。但是，少数患者(约10%)接受任何治疗都没有效果，病情急速恶化，直到牙齿丢失为止，这部分患者是难以治疗的牙周炎。
需要特别提出的是糖尿病患者的牙周炎治疗。牙周炎的发病率在糖尿病患者中处于较高水平。糖尿病患者抵抗力低，容易感染，血糖值高，容易形成牙菌斑，引起牙周炎。牙周炎进一步提高糖尿病患者感染的概率。因此，糖尿病和牙周炎可以说是相互促进的恶性循环。糖尿病患者更应注意牙周病的治疗。首先控制血糖水平，其次系统治疗牙周炎，平时要注意口腔保健，定期复查。
