新生儿牛乳蛋白过敏的治疗是通过回避牛奶蛋白，改为配方奶喂养，若合并有过敏症状时，可予以抗过敏治疗如西替利嗪、泼尼松片，若合并有腹泻，可予以益生菌、蒙脱石散治疗，治疗周期一般为3~18个月。
一、病因治疗
回避牛奶蛋白，改为配方奶喂养，根据患儿过敏症状、营养需要、安全性、口味接受度、远期效应以及经济因素选择合适的配方奶喂养，遵医嘱可供选择适度水解配方奶、深度水解配方奶、游离氨基酸配方奶，母乳喂养明确乳母进食牛奶后过敏者，继续母乳喂养，建议乳母严格回避牛奶及奶制品，同时母亲应每日补充维生素D及钙剂，应在3~6个月内进行重新评估，以确定是否可以调整配方奶及奶制品种类，尽早改用适度水解配方奶。
二、药物治疗
1、抗过敏药物治疗：可选用白三烯受体拮抗剂如孟鲁司特钠咀嚼片，抗组胺药如西替利嗪，糖皮质激素如泼尼松片、地塞米松等，肾上腺素可用于急性过敏性休克抢救。
2、对症药物治疗：若合并皮炎，可予以抗组胺药，外用炉甘石洗剂，腹泻便血时可予以益生菌调节肠道菌群，蒙脱石散保护肠黏膜，硫酸锌促进黏膜修复等。
三、手术治疗
本病一般无需手术治疗。
