生理性黄疸主要与新生儿胆红素代谢特点有关，包括一下几种原因：
第一、胆红素生成相对较多。新生儿每日生成胆红素为8.8mg/kg，几乎是成年人的2倍多。这是因为红细胞数相对较多且出生后血氧含量骤然升高，导致过多的红细胞即被破坏，同时加上红细胞寿命比成人的短，血红蛋白分解速度比成人快，都会造成胆红素生成较成年人多
第二、肝功能发育不成熟，因此肝细胞内摄取胆红素必需的Y、Z蛋白含量低功能差，这需要出生后5～15天才达成人水平。同时，因为肝脏发育不成熟，尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶(UDPGT)的量及活力不足，导致胆红素不能有效地合成结合胆红素。另外还有因为肝脏发育较晚，造成排泄结合胆红素功能较差，也会导致易致胆汁淤积。
第三、肠-肝循环特点：新生婴儿由于刚出生，其肠道内正常菌群尚未建立完善，因此不能将进入肠道的胆红素转化为尿胆原。
综上所述，生理性黄疸与初生婴儿自身发育未完善导致胆红素分泌排泄异于成年人，因此几乎60%足月儿和大约80%早产儿在生后第1周都会出现肉眼可见的黄疸。
