羊水穿刺是一项有创性检查，因此也会存在一些风险：
1、羊水穿刺是把细针穿刺进入羊膜腔，这可能会造成孕妇出血，出血性休克，羊水外流，流产，伤到胎儿的可能。
2、可能因为子宫畸形，胎盘位于前壁，羊水过少等原因导致穿刺失败。
3、手术后孕妇如果卫生条件不佳，可能会发生宫内感染。
4、孕妇如果有心脑血管疾病，由于疼痛，紧张等，可能会造成心脑血管意外的可能。
5、由于羊水细胞培养系脱落细胞体外培养受羊穿时间、标本是否混血、培养基污染等多种因素影响，羊水培养有失败的可能，有时因为崁合体而不能诊断。
