如果长肛瘘的位置在肠道中比较高，则不容易溃破;随着时间延长，病情不断发展，炎症可能不是向下发展，而是向上发展，形成脓肿。这种情况下，肛门口处根本摸不到硬包，也没有其他外在表征，造成病情更隐蔽，也更危险。如果长时间发现不了，容易形成脓血症，甚至是败血症。
当炎症产生的脓液向直肠以及周围间隙发展，肠子周围的间隙就会“肿了”，然后引起发烧等全身症状。这种脓血，如果形成直肠肛瘘，反复发病，最终会造成直肠狭窄，使病情更加复杂，更加难以治疗。这虽不属于普遍现象，但的确存在，请大家务必警惕。
我曾经遇到过这样一个病例。病人多日高烧不退，达40多度，核磁等检查手段都使用了，就是查不出病因。最终发现是肛瘘。因为他长的肛瘘位置较深，脓肿的位置越深，发烧就越严重，加之从外观上看不到变化，难以判断。其实里面都是脓，仔细体会，会有强烈的下坠感。一旦脓肿发展到黏膜位置后，由于那里的痛觉神经不是很丰富，就只能感觉到下坠。而脓肿的位置越向下，疼痛就越厉害，而且能摸到硬疙瘩，便于诊断。
