长期大量食用蕨根粉有可能会致癌，但偶尔少量吃蕨根粉，并注意适量补充硒元素，降低蕨根粉中原蕨苷毒性，致癌风险较低。
世界癌症组织把蕨菜评为2B类的致癌物质，主要是因蕨菜中含有原蕨苷，这是一种天然的毒素，有很强的致癌性，如长期大量食用处理的蕨菜，摄取的原蕨苷过多的，可能会出现基因突变，患食道癌、胃癌等疾病的病风险明显增多。
蕨根粉是从野生蕨菜的根中提炼出的淀粉，蕨菜根茎部所含的原蕨苷较少，制成蕨根粉后致癌物质的含量会更低，只要不经常大量食用蕨根粉，通常不会致癌。如在吃蕨根粉时还能适量适当补充海藻、鱼、虾、蟹、蛋类、瘦肉、蘑菇、大蒜、大白菜、西红柿、苹果、桂圆等食物为身体补充硒元素，能降低原蕨苷的毒性，即使摄取了一定量的原蕨苷，也能将致癌的风险降低。
