每次睡觉醒来喉咙痛，考虑是过敏性鼻炎、呼吸睡眠暂停综合症、反流性食管炎等原因引起的。过敏性鼻炎需要应用鼻喷激素、鼻部减充血剂和抗组胺药治疗，呼吸睡眠暂停综合症可以通过手术治疗，反流性食管炎需应用抑酸药和黏膜保护剂。
若伴有鼻子发痒、连续打喷嚏等症状，需要考虑是过敏性鼻炎引起的。过敏性鼻炎会导致鼻腔分泌物明显增多，引起鼻塞现象，患者睡觉时不得不张嘴呼吸。而人的嘴巴并不具有过滤的功能，如果张着嘴睡觉，咽喉黏膜加湿不够，会出现醒来后咽喉干燥疼痛的症状。建议应用鼻喷激素、鼻部减充血剂、抗组胺类药物进行治疗，如糠酸莫米松鼻喷雾剂、羟甲唑啉滴鼻液、氯雷他定片等。
呼吸睡眠暂停综合症会使患者的呼吸功能明显受阻，晚上总是会不停的打呼，并且长时间张口呼吸，导致咽喉粘膜的水分大量流失，早上醒来后容易感觉喉咙疼痛。如果患者身体比较胖，适当减重之后能缓解症状，当发生阻塞型睡眠呼吸暂停综合症之后，需要进行手术治疗，如悬壅垂软颚整形手术、雷射悬壅垂整形手术、无线电波软颚手术等。
如果患有反流性食管炎，夜间睡觉时胃酸以及胃内容物可能会反流到食管，刺激咽喉黏膜，导致咽喉粘膜受损，醒来之后可感觉喉咙疼痛。需用抑酸药、黏膜保护剂进行治疗，如泮托拉唑钠肠溶胶囊、奥美拉唑肠溶胶囊、铝碳酸镁咀嚼片等。
