从结肠癌的病因看，超过半数的癌灶来自腺瘤的癌变，从腺瘤到癌的一序列变化要经历10～15年的时间，在癌变的过程中，受到各种因素的影响，染色体发生改变，相关的各种基因发生缺失或突变，最终导致结肠癌的发生。
在癌变过程中，遗传突变的基因包括四类：癌基因、抑癌基因、错配修复基因、危险修饰基因。目前的研究发现，与结肠癌发病有关的癌基因包括K-ras、c-myc、EGFR等；与结肠癌发病有关的抑癌基因包括APC、DCC、P53等；与结肠癌发病有关的错配修复基因包括HMSHI、HLH1、PMS1、PMS2、GTBP等；与结肠癌发病有关的危险修饰基因包括COX-2、CD44等。癌基因APC失活致杂合性缺失，错配修复基因突变致基因不稳定，出现遗传性非息肉病结肠癌。
结肠癌发病除了与基因缺失或突变有关，还与高动物脂肪饮食、饮食中缺乏纤维素、缺乏体力活动等有关，另外还与溃疡性结肠炎、结肠血吸虫病肉芽肿等疾病密切相关。
