慢性肠炎病程一般在2个月以上，临床上常见的有慢性细菌性痢疾、慢性阿米巴痢疾、血吸虫病、非特异性溃疡性肠炎和限定性肠炎等。肠炎极为普 遍，全世界每年发病约30～50亿人次，尤以发展中国家发病率和病死率为高，特别是儿童。据世界卫生组织统计，在发展中国家中，传染性腹泻是儿童发病率最高的传染病，病死率约为20‰，仅在亚、非、拉地区，每年将夺走约460万婴幼儿的生命。
慢性肠炎是细菌和病毒引起者最常见的。少数肠炎的原因不明。细菌性肠炎的病菌最常见于痢疾杆菌，其次是空肠弯曲菌和沙门氏菌。在病毒性肠胃炎中，轮状病毒是婴幼儿腹泻的主要原因，而诺瓦克病毒是成人和老年儿童流行性肠胃炎的主要原因。寄生虫引起的肠炎在溶解组织内很常见。霉菌性肠炎是由白色念珠菌引起的最多的。另外，休息不规则和精神过度紧张也是引起这种疾病的原因之一。
