引起腹泻的病因比较复杂，有细菌、病毒、寄生虫等，一些化学药品也会引起腹泻。大肠埃希杆菌肠炎应注意以下疾病的鉴别。
1、细菌性痢疾由志贺菌引起，腹泻常见于脓血或粘液状，量少，内急后重，寒热多。粪便镜检查可以发现大量的脓细胞、红细胞和吞噬细胞。婴幼儿中毒型腹泻或非典型腹泻应通过病原学诊断进行鉴别。
2、霍乱弧菌感染后，发生剧烈腹泻后呕吐，恶心少，呕吐物和腹泻大便呈米泗水样，量多，无急后重，少数患者有少量血便。脱水重者经常引起肌肉痛性痉挛，皮肤皱纹凹陷，体表温度低于正常，镜检可发现运动活跃的弧菌，应进一步进行细菌培养鉴别。
3、副溶血弧菌性食物中毒，由副溶血性弧菌引起，主要是吃被该细菌污染的食物(多与海产品有关)，疾病急剧发生，首先以寒冷、阵发性腹痛(上腹部绞痛)开始，相继呕吐腹泻，水样方便或血样方便
4、沙门菌食物中毒进食是由鼠伤寒沙门菌污染食物引起的。发病急，经常伴有寒热、腹痛、膨胀、恶心、呕吐、腹泻，呈水样，有恶臭，早期出现菌血症，餐者集体发病较多。依靠病原学、血清学诊断鉴别。
5、病毒性腹泻，由肠道病毒感染引起的腹泻，其特点是传染性高。轮状病毒、小圆病毒等感染早期有呕吐，相继腹泻，多呈水样便并有黏液，多发生在秋冬季。其他病毒性腹泻多见于夏秋季，有恶心呕吐，除消化道症状外，常有呼吸道症状，咽炎，并发轻瘫，常累及颈肌、背肌。周岁内小儿多见有绿色水样便或蛋花样水便。抗生素治疗一般无效，病程多在5~7天内自愈。用血清学和病毒分离进一步鉴别。
6、空肠弯曲菌性肠炎空肠弯曲菌轻症与病毒性肠炎类似，重症与溃疡性肠炎或克罗恩病类似。有发热、腹泻水样或粘液样，有恶臭，呈胆汁色，重症有脓血便，菌痢多在一周内恢复。儿童患者常有腹绞痛，高热时可发生痉挛。发病多与家禽、家畜或饮用未消毒的牛奶、生水有关。暗视野镜检查发现射箭样活力的弯曲菌，细菌培养进一步诊断。
7、耶尔森菌肠炎 多见于儿童发病，与食物、水污染有关。腹痛、腹泻、低热、呈水样便，可有败血症，可并发结节性红斑、假性阑尾炎、关节炎。细菌培养可以进一步鉴别。
8、其他应注意与贾第鞭毛虫、阿米巴痢疾引起的腹泻鉴别，粪便镜检查可发现阿米巴原虫或贾第鞭毛虫。
