即使我们知道患病原因，却一直没什么好的办法可以治疗乙型肝炎，很多慢性乙型肝炎患者，使用了多种药物治疗，但疗效均不明显，病情总发生反复。这是为什么呢？
慢性乙型肝炎是造成那么多人肝硬化、肝癌的罪魁祸首，其中80%的人是在未成年时期就感染了病毒。但是，没有治疗乙型肝炎的好方法。许多慢性乙型肝炎患者使用各种药物治疗，但疗效不明显，病情反复发生。有效地治疗乙型肝炎已成为世界性的难题，乙型肝炎之所以难治，是因为乙型肝炎病毒常会嵌入肝细胞的DNA里面，结果是治疗后虽然找不到病毒，但还是可能会发病。
第一，乙肝病毒具有坚硬的蛋白质外壳，能起到保护病毒的作用，因此，治疗肝炎的药物很难直接对病毒起到作用，必须依靠人体本身的免疫功能。
二、乙肝病毒在肝细胞内复制，治疗药物必须是小分子物质进入肝细胞内，起到抵抗病毒的作用。乙型肝炎病毒除了存在于人体肝脏外，还可以出现在其他器官、组织中，如脾脏、肾脏、胰脏、骨髓、淋巴结、睾丸、卵巢、皮肤等，因此抗病毒药物要发挥作用，必须经过系统、有足够疗程的治疗药物。
第三，病毒在某些药物的作用下，发生病毒基因变异，产生耐药性和免疫性。因此，在选择治疗药物时要小心。
第四，病毒在进入肝细胞后，随着病程的延长，病毒的部分DNA可能与肝细胞的DNA发生整和，当肝脏细胞的DNA复制时，病毒的基因也会一同复制，一旦发生这种现象，治疗难度会明显加大。
第五，乙型肝炎病毒的复制方式与其他病毒不同，形成病毒复制的原始模板cccDNA，稳定贮藏在肝细胞核中，一般的抗病毒药物对模板无效，患者停药后多发生病情。
此外，乙型肝炎垂直传播容易形成免疫耐受性。感染乙型肝炎病毒的母亲通过胎盘感染胎儿，孩子出生后，免疫系统发育不完善，免疫功能不健全，无法有效识别乙型肝炎病毒，引起乙型肝炎病毒感染。
