世界上的一切都有优缺点。抗菌药物，特别是抗生素，在临床应用后，大大降低了许多传染病的死亡率；但它也带来了不良反应，严重的病例可能会导致残疾或死亡。在实际应用抗菌药物时，人们往往只注意其治疗效果，不注意不良反应，导致治疗失败。
抗菌药物的不良反应主要表现在以下几个方面：
毒性反应
指抗菌药物引起的生理、生化异常和组织器官的病理变化，其严重程度一般随着剂量的增加和疗程的延长而增加，主要是可逆反应。毒性反应是最常见的不良反应之一，主要表现在肾脏、神经系统、肝脏、血液、胃肠道、局部给药等。一般来说，氨基苷、多粘菌素、万古霉素、青霉素和头孢菌素很容易产生多系统的毒性反应。
变态反应
几乎每种抗菌药物都会引起一些异常反应，最严重的是过敏性休克，主要是由青霉素引起的；最常见的是皮疹，可引起各种抗生素；青霉素和头孢霉素常见于发热、关节痛和荨麻疹；万古霉素可引起红色综合征。此外，还有药物热、光敏反应等。
二重感染
指抗菌药物使用过程中的新感染。这是由于长期大量使用广谱抗生素后，敏感菌群受到抑制，未受到抑制的菌群乘机大量繁殖造成的。由于原发病率和（或）原发感染，二重感染的病原体往往对各种抗菌药物具有耐药性。二重感染往往难以控制，死亡率高。
医务人员必须做到：①严格执行皮试常规，认真查询既往史，包括既往用药史、家族史、药物过敏史等；②在使用任何抗菌药物之前，应充分了解其可能的反应和预防措施；③谨慎使用毒性强的抗生素，联合用药时要警惕毒性协同作用；④避免长期大剂量使用抗生素，特别是广谱抗生素；⑤应立即采取相应的抢救和治疗措施。患者应在医务人员的指导下使用，避免随意服用。
