打完第三针新冠疫苗即接种完第三针新冠疫苗，发烧头疼考虑是疫苗的不良反应、情绪紧张或呼吸道感染等原因导致的。若为疫苗的不良反应，可不进行治疗，发烧明显者应进行物理降温；情绪紧张所致，要通过休息及调节情绪等方式来缓解。若发生呼吸道感染，建议对症治疗，高热患者需应用退热药物。
少数人接种完第三针新冠疫苗后会出现一些不良反应，主要表现为头晕、头疼以及发烧等，这属于正常现象，多数情况下可在2~3天内自行缓解。若发烧较为明显，可采取物理方法来降温，如温水擦浴或使用退热贴。
部分人对第三针新冠疫苗存在误解，担心会出现严重的问题，所以接种时情绪比较紧张，接种完之后这种紧张的情绪始终不能缓解，可能会出现生理性头痛和发热等现象。可以通过休息、放松情绪等一般方法来治疗，情绪得到调节后，头痛和发热的症状也会缓解。
若发热持续时间较长，如反复发热超过三天，特别是出现高热伴头痛的现象，很有可能是发生了呼吸道感染。以对症治疗为主，如多饮水、多休息等，高热明显者可以应用退热药物，如对乙酰氨基酚片、布洛芬混悬液、复方锌布颗粒剂等。
