我国实行政府调控与药品价格市场调控相结合的管理模式。纳入政府价格管理范围的药品是国家基本医疗保险药品和少数垄断药品，约占市场流通量的20%，销售额的60%。
制定药品价格的政府主要是实行最高零售价格控制，生产经营企业可以减少销售。其他药品实行市场调整价格，企业自主制定价格。制定药品价格的主要原则是：补偿成本，合理盈利，反映供需，鼓励创新。在制定价格时，还应综合考虑社会经济发展水平、群众承受能力和产业发展政策。
政府制定价格的基本程序包括：开展成本和市场价格调查、专家评估或论证、听取生产经营企业及相关利益相关者的意见、价格宣传等。
目前，药品价格存在的突出问题是部分药品价格较高，临床使用高价药品较为普遍，廉价药品企业不愿生产，医疗机构不愿使用，群众药品成本负担较重。一些药品价格高的主要原因是，中国药品价格经历了从计划经济时期的严格控制到90年代初的基本自由化，再到90年代末逐步加强管理的过程。
1997年，政府只管理约200种，但只占市场流通的20%左右。许多药品在放开过程中价格迅速上涨，积累了许多矛盾。在重新纳入政府定价范围后，有一个逐步到位的过程来降低药品价格，缓解价格矛盾。二是现行医疗机构药品零售价格包括在内"补医"的费用。
我国医疗服务价格，特别是医务人员技术服务价格长期较低，医疗机构整体医疗服务，为了维持医疗机构运营，促进医疗机构发展，满足医疗需求，国家允许医疗机构通过销售药品获得利润补偿医疗服务损失。随着医院机构规模的扩大和硬件建设水平的不断提高，成本迅速上升，严重依赖药品收入。
改革"以药补医"取消药品中的现状"补医"成本还需要时间。三是流通环节过多，药品涨价不合理比较常见。另一方面，政府在不断降低政府定价药品价格的同时，对调整市场价格的药品价格仍缺乏监管手段，一些企业不时变更名称和剂型。
