目前，男性尿道炎治疗方法主要有两种：尿道炎微波治疗仪、非淋介导疗法治疗非淋，但前一种治疗方法被使用更为普遍，同时也被很多医院推荐为首选疗法。
微波治疗仪是将微波、红外、离子导入融为一体的先进治疗设备，具有热量辐射范围大、杀菌灭菌作用强、适应范围广的突出优点，而引起尿道炎各种致病菌均具有耐寒不耐热的特性。微波热疗可将辐射温度控制在45－50摄氏度之间，20分钟左右即可使细菌死亡，并可在医师的控制下，同时对前列腺及后尿道各相邻部位进行照射。精选的抗菌消炎药物可在离子状态下同时导入。
红外光波则以更大的传导能力加强治疗的效果。这种以热疗为主体，配套疗法和精选药物相结合的综合治疗，可有效杀灭各部位的细菌和病毒，促进血液循环，增强新陈代谢，并可促使机体免疫力的恢复和提高。经过规定疗程的治疗，可以有效清除细菌病毒，并可消除尿道炎引起的炎症扩散和蔓延，有效解决了容易复发的问题。
男性尿道炎多采取以抗生素治疗为主的综合治疗。
（1）去除诱因去除诱发非特异性尿道炎的各种因素如尿道口梗阻、邻近器官炎症等。注意性生活卫生，及时治疗感冒，疲劳后注意休息。
（2）抗生素应用使用氟哌酸或复方新诺明等药物。
（3）辅助治疗：①急性期应多饮水以增加尿量，对尿道起冲洗作用；②有尿频、尿急及尿痛时，可服用解痉药物，如黄酮哌脂或特托罗定；③服苏打片调节尿液pH值以减轻症状；④老年女性患者反复发作本病者可适当补充雌激素治疗。
（4）中药治疗清热利湿，解毒通淋。可选车前子9g、木通9g、瞿麦9g，滑石15g，生地18g，淡竹叶12g，匾苔9g，甘草梢6g，煎汤口服，连服7天。
