慢性肝炎的危害可以说是非常严重的。有可能会诱发诸如腹水、上消化道出血以及肝昏迷这些不良症状的出现，对于患者的生活质量影响特别大。而且，一旦病情得不到有效的控制，就会诱发诸如肝硬化，甚至是肝癌等严重后果。
每年会有3％至5％的患者会出现肝硬化，其并发症有：腹水，上消化道出血和肝性脑病（也称为肝昏迷），肝硬化并发症患者也称之为失代偿性肝硬化。如果患者病情得不到有效控制，5年生存率仅为14％至35％。换句话说，慢性乙型肝炎发展为失代偿性肝硬化后，60％的患者每5年会死于肝硬化并发症。
对于未进展为肝硬化的慢性乙型肝炎患者，肝癌的年发病率为0.5％至1.0％。乙型肝炎肝硬化患者每年肝癌发病率高达3％至6％。早期肝癌大多无症状，可在定期检查中发现。如果发现直径小于3厘米并且是单发的，可以通过手术治愈。
然而，肝癌是一种快速恶化的恶性肿瘤。一旦出现症状，那么患者就失去了治愈的机会。症状发作至死亡的平均时间为3-6个月。换句话说，晚期肝癌的平均生存时间不到半年。
事实上，正由于慢性肝炎这种疾病是无法治愈的，而且还有恶化成为肝硬化以及肝癌的巨大风险。所以，治愈并不是慢性肝炎所需要设定的治疗目标；就算设定了这个治疗目标也是毫无意义的。治疗慢性肝炎，目的就是通过药物来控制病情，朝着肝硬化以及肝癌这两条不归路发展。一旦恶化成了肝硬化，那么就要通过药物来延缓以及减轻肝硬化所诱发的不良症状；而一旦恶化成了肝癌这种严重后果，那么治疗目标就是提高患者的生活质量，同时延长患者的生命时间。
