骨囊肿受先天因素的影响。骨髓腔内静脉阻滞、外伤出血、骨质部位感染等后天因素，也会诱发骨囊肿。
1、先天性发育异常所致
在胚胎期发育不良，让少量具有分泌功能的滑膜细胞进入骨内，导致液体聚集，常会引发骨囊肿。
2、骨髓腔内静脉阻滞所致
当骨髓腔内的静脉阻滞时，血液循环不畅通，会导致髓腔内压力增高，常会出现液体滞留，这时就会引起骨囊肿。
3、外伤出血所致
当外伤导致出血时，常会形成局限性包裹，引起纤维化，导致局部吸收骨化，慢慢就会出现骨囊肿。
4、骨质部位感染所致
患有炎性感染性疾病时，尤其是血源性感染疾病时，病菌会在骨组织部位生长繁殖，治疗不及时，正常细胞包裹被杀死后，也会引起局部骨囊肿。
