在治疗期间观察HBsAg和HBV DNA下降的情况可以预测干扰素的疗效。根据以往文献的报道，对于基因A型和D型的乙肝病毒感染者，若经过12周聚乙二醇干扰素治疗未发生HBsAg定量的下降，建议停止治疗。
对于基因B型和C型的乙肝病毒感染者，若经过12周聚乙二醇干扰素治疗，HBsAg定量仍大于20000 IU/mL，建议停止治疗。无论哪种基因型，若经过24周治疗HBsAg定量仍大于20000 IU/mL，建议停止聚乙二醇干扰素治疗。
对于HBeAg阴性慢性乙型肝炎患者，如果12周治疗后HBsAg未下降且HBV DNA较基线下降<2 log10 IU/ml，应考虑停止聚乙二醇干扰素治疗。法国医生瓦利特•皮卡德(Vallet -Pichard)在2014年总结了以往文献，提出了干扰素治疗期间预测和早期停药的原则：12周时HBV DNA及HBsAg下降是持续病毒应答的最佳早期预测指标。
对于e抗原阳性患者，干扰素治疗12周，HBV DNA下降至20000 IU/ml以下，HBsAg水平< 1500 IU/ml，e抗原血清学转换率较高;然而，HBsAg水平在20000 IU/ml以上或HBsAg水平未下降者，发生e抗原血清学转换的可能性极低，应该考虑早期停药。
对于e抗原阴性患者，干扰素治疗12周时HBV DNA下降至20000 IU/ml以下，治疗12周和24周时HBsAg下降>10%的患者在治疗结束后持续病毒学应答率较高;而治疗12周时HBV DNA下降< 2 log10 IU/ml和HBsAg无明显下降者，治疗结束后的病毒学应答率较低，应该考虑早期停药。
我国专家根据国外学者的经验，首次把干扰素治疗期间的预测和疗效欠佳患者早期停药写入2015年版《乙肝指南》，建议“：HBeAg阳性慢乙型肝炎患者治疗24周HBsAg和HBV DNA的定量水平是治疗应答的预测因素。接受聚乙二醇干扰素α治疗，如果24周HBsAg<1500 IU/ml，继续单药治疗至48周可获得较高的HBeAg血清学转换率。若经过24周治疗HBsAg定量仍大于20000 IU/mL，建议停止聚乙二醇干扰素α治疗，改用核苷(酸)类药物治疗。
HBeAg阴性慢乙肝患者治疗过程中HBsAg的下降、HBV DNA水平是停药后持续病毒学应答的预测因素。如果经过12周治疗后HBsAg未下降且HBV DNA较基线下降<2 log10 IU/ml，应考虑停止聚乙二醇干扰素α治疗。
普通干扰素或聚乙二醇干扰素疗效有限，大约2/3的患者疗效欠佳，而且有较多的不良反应。另外，聚乙二醇干扰素的价格也较贵。对于疗效欠佳的患者，早期预测，可以指导患者及时改变治疗方案，使病人更早获得有效治疗，减少不良反应的发生风险和医疗费用。
