肺囊虫肺炎治疗时可通过药物治疗、支持治疗、对症治疗的方式。
1.药物治疗：药物疗法是治疗肺囊虫肺炎常规性的治疗手段之一。治疗该种疾病常用的药物为广谱抗菌类的药物。一般情况下连续服用7~14天左右，症状会得到有效的控制。
2.支持治疗：支持治疗主要以注射丙种球蛋白为主，通过增强患者的免疫力，减缓或者是消除在发病期间的各种症状表现。而对于伴有呼吸困难或者是呼吸衰竭等症状的患者，则要及时吸氧，促使血液中氧浓度处于饱和的状态。
3.对症治疗：肺囊虫肺炎在发病之后会影响到患者的正常呼吸，甚至会诱发心力衰竭，所以及时采取对症治疗也非常有必要。对症治疗的目的是纠正心力衰竭的症状，避免心率速度过快。
