指甲旁边的肉疼一般有可能是甲沟炎、甲癣、甲周疣等原因。可根据不同病症采取药物治疗。具体如下：
甲沟炎主要是金黄色葡萄球菌和白色念珠菌感染，造成红、肿、热、痛等炎性表现，会引起指甲旁边肉疼。可分别选用敏感药膏，如夫西地酸软膏、联苯苄唑乳膏等。
甲癣是皮肤癣菌侵犯甲床和甲板导致的指甲病变，有可能造成指甲增厚、失去光泽，合并细菌感染，会出现指甲边缘的软组织疼痛、肿胀，也会导致指甲旁边肉疼。可通过连续口服特比萘芬片、伊曲康唑、氟康唑等。
甲周疣是由于人乳头瘤病毒感染，引起的寻常疣的一种类型，会造成指甲边缘乳头状增生，并且表面粗糙、质地坚硬，有可能表现为指甲旁边肉疼的症状。可以局部涂抹水杨酸，另外也可以在皮损内注射博来霉素，还可以外用咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶等。
