宫颈囊肿和阴道囊肿为良性病变，主要区别在于囊肿部位与形成诱因不同、症状表现有所不同。
1、囊肿部位、形成诱因不同
宫颈囊肿主要在宫颈部位，多为慢性宫颈炎导致宫颈腺上皮异常增生，阻塞子宫管腺体口，引起黏液潴留所致，突发于宫颈表面，根部与宫颈有蒂相连，常合并宫颈肥大；阴道囊肿为阴道内囊肿，包括胚胎遗留性、上皮包涵性两种；前者是由于胚胎时期中肾管阴道部分泌物潴留、扩张而致；后者则有女性分娩时阴道黏膜受损或阴道缝合手术，阴道黏膜卷入阴道深层所致。
2、症状表现有所不同
宫颈囊肿与白带增多、性状改变、接触性出血为主；阴道囊肿无明显症状，囊肿较大，但有异物感、坠胀感、阴道分泌物增多。
