艾草能消毒杀菌。艾草对于部分病毒和细菌有消除作用，但不能代替专业的抗病毒药及抗菌药。
艾草是常见的中药材，其中含有艾叶油、反式香苇醇等营养成分，从中医角度来看，艾草味辛、苦，性温，归脾经、肝经及肾经，具有灭菌消毒、驱虫等作用。艾草燃烧时产生的烟雾具有消毒作用，主要用于空气消毒，对部分病毒有预防效果。夏季蚊虫较多的季节，通过燃烧艾草可以减少蚊虫出现，还可将潮湿房间内的细菌等微生物清除。
将干枯的艾叶煮水，用来熏洗或浸泡，同样可以达到杀菌消毒的作用。如女性阴道瘙痒，可以用煮好的艾叶水熏洗，杀灭一部分致病菌，缓解瘙痒症状。如果因为不注意个人卫生而造成尿道感染，可以将艾草和车前子等药物混合熬水熏私处，效果比较明显。但如果有明显的病毒感染和细菌感染，需要使用专门的抗病毒药和抗菌药，不可用艾草来替代。
