小儿发烧灌肠的好处主要是易于小儿接受、避免了刺激、吸收快速、便于给药。坏处易造成肠道受损、腹泻、菌群紊乱，容易继发感染。
小儿对口服药物反感，灌肠避免口服药物引起的哭闹、呕吐等；药物可以直接通过直肠吸收，避免了药物对胃肠粘膜的刺激；直肠血管吸收快，能快速达到退烧的作用。同时，灌肠可以杀死肠道里的细菌病毒，促进排泄；对于有便秘的孩子有通便作用。
灌肠属于侵入性操作，可能导致小儿肠道损伤；刺激肠蠕动引起腹泻；药物进入肠道深处容易产生污染；菌群失调造成内环境改变，肠道功能会变差。同时，如果灌肠时存在大便，会影响药物吸收，剂量不好把握。
