研究发现育龄期女性长期口服避孕药可增加罹患红斑狼疮的风险，已经患此病的女性口服避孕药可能会诱发狼疮活动。口服避孕药还可增加抗磷脂抗体、抗核抗体阳性的红斑狼疮患者发生血栓栓塞性疾病的风险，尤其是含雌激素的避孕药，因此红斑狼疮女性应谨慎使用口服避孕药。
红斑狼疮好发生于青春期和育龄期女性，故推测发病可能与性激素水平有关。美国一项全国性研究(SELENA)评估了雌激素在红斑狼疮患者中的安全性，研究发现口服含低剂量雌激素的避孕药并未增加严重狼疮活动，但SELENA的试验结果并不意味着所有红斑狼疮女性均可使用口服避孕药。病情不稳定、处于抗磷脂抗体所致高凝状态、伴肾病综合征或既往有血栓形成史的女性，禁止长期使用口服避孕药。
长期口服单一孕激素的避孕药对红斑狼疮活动没有不良影响，但可增加骨质疏松的发生风险。如Depo-progesterone是一种长效孕酮，每3个月注射1次，简单方便，避孕效果确切，因其具有增加骨质疏松的风险，美国食品与药品监督管理局建议使用该药不应超过2年。如果想长期使用，就必需坚持每年做1～2次骨密度检查以监测是否有骨量减少，并适当补充维生素D和钙剂。
