由于新生儿免疫功能不健全，一旦感染乙型肝炎病毒，90%左右就会感染慢性乙型肝炎病毒。因此，新生儿应在出生后24小时内及时接种乙型肝炎疫苗。但是，在我国偏远地区，医务人员和家长24小时内接种疫苗的概念不清楚，疫苗注射不及时。有些人认为在孩子出生24小时后接种疫苗是不正确的。应该一出生就打，越早越好。
自我国实施计划免疫以来，人群乙型肝炎病毒携带率明显下降，特别是5岁以下儿童乙型肝炎表面抗原携带率已经实现了中国乙型肝炎预防计划的控制目标。
对于仍有少数新生儿感染乙型肝炎病毒的情况，专家建议新生儿的乙型肝炎疫苗剂量最好从5微克增加到10微克，确保新生儿在0、1、6个月内接种，即孩子刚出生时、1个月、6个月内分别接种乙型肝炎疫苗。乙型肝炎病毒可以通过胎盘和生产道传播给婴儿，也可以通过哺乳、喂养等方式传播给婴儿，对于母亲乙型肝炎表面抗原阳性的孩子，出生时应该用乙型肝炎免疫球蛋白和乙型肝炎疫苗联合免疫，然后1个月和6个月后分别接种乙型肝炎疫苗。
