一、异物损伤:最常见的原因是直肠内异物损伤。未消化的骨片、木片或其他带尖角的异物可直接损伤直肠粘膜引起直肠炎。此外，严重便秘时的硬粪块可引起直肠炎。
二、中毒和感染症：发生灭鼠药或重金属（汞、砷等）中毒或者发生以胃肠炎为主要特征的传染病时，常常继发直肠炎。但是，此时，与直肠相比，其他胃肠道的病理变化更加严重，而且很多病例因此出现临床症状。
三、良性肿瘤恶变:该病也是直肠炎发病原因之一，一般直肠家族性息肉病、直肠腺瘤、乳头状瘤等，在一定条件下也可引起恶性病变。
四、饮食因素:高脂肪、高蛋白、低纤维素饮食与直肠炎的发病有关。这是因为高脂肪食物可以增加胆汁分泌，促进肠道细菌的生长，而胆醇、胆盐在厌氧菌的作用下，形成不饱和胆固醇，如脱氧胆酸和石胆酸的增加，这两种炎症的数量增加，促进直肠炎的发病。
五、慢性炎症刺激：长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。例如慢性细菌感染、阿米巴痢疾、慢性非特异性结肠炎、休息室炎等，粘膜在肉芽肿、炎性变化和假息肉阶段发炎。
六、良性肿瘤恶变:直肠家族性息肉病、直肠腺肿瘤、乳头肿瘤等，在一定条件下也可引起恶性病变。
七、性病引起的性交不洁，肛门患尖锐湿疣或乳头状纤维瘤，长期摩擦刺激，可引起炎症。
八、家庭遗传因素:基因变化的传递可以表现为家庭性。
9、免疫功能异常:人体免疫功能异常，例如细胞免疫功能在患者中普遍存在，随着细胞免疫反应性的降低，炎症的发生率提高，细胞免疫功能的抑制是炎症发展的主要因素。
十、痔疮、肛瘘、肛裂、化脓性汗腺炎、毛囊炎等长期刺激肛门皮肤，也可引起炎变。
十一、血吸虫患者的肠粘膜长期受到沉积卵的刺激，发生坏死、脱落，形成溃疡，在上皮再生和增殖的基础上发生息肉，引起炎症。
