儿童溃疡性结肠炎的原因尚不明确，目前一致的观点是，本病的发病有免疫因素和遗传因素，其他各种因素多为诱发因素，
1、本身免疫因素:溃疡性结肠炎多为自身免疫性溶血、类风湿性关节炎、红斑狼疮、桥本病、虹膜炎等多种原因
2、感染原因:一些儿童用抗生素治疗有效。
3、饮食过敏原因:有些食物可以复发病变，去除这些饮食可以缓解病情。
4、遗传原因:患者家属中有15%~30%的患者。
5、精神因素:临床发现一些儿童伴有焦虑、紧张、疑问和自主神经障碍的表现，精神治疗有一定的效果。
