胚胎形成初期，心脏和血管的形成、发育出现了异常和病变，或者在分娩时由于某种原因心脏部位出现了问题，这些情况就被称为先天性心脏病。先心病的病因有很多，包括遗传因素、环境因素等，较为复杂和多变，随着近几年科学的进步，对先心病的病因也有了更为准确的认识。
1、遗传因素：遗传因素占先心病的比例最大，基因和染色体异常可导致各类先天性心脏病的出现，如心血管畸形、房间隔缺损、室间隔缺损等心脏疾病。
2、环境因素：环境污染是导致近年来先心病高发的重要原因，如各种大气污染、装修污染、农药残留等情况，如果孕妇在怀孕初期接触过其中的某些污染源，就可以会使胎儿出现发育畸形、心脏病变等情况。
3、生物因素：生物因素主要是指母体在怀孕时，出现过某些疾病或者服用过某些药物，或者有抽烟喝酒的不良习惯，从而导致胚胎在发育过程中受到影响，因此导致了先心病等疾病的出现。
