感染疱疹性咽峡炎病毒后，病毒会先潜伏在患儿体内2到4天，在病毒潜伏的这段时间内，孩子一开始不会有异常表现，接近潜伏期结束时，会有轻微的感冒症状，随后便进入了小儿疱疹性咽峡炎的急性发病期。
一、高热。潜伏期一过，疱疹性咽峡炎及进入爆发期，也就是家长所看到的孩子突然间发病，出现发热的症状，严重的患儿体温可超过40度，有不少孩子可能会因为高烧引发抽搐。家长应注意监测孩子体温，注意给孩子进行降温处理，严重情况下，需带孩子到医院就诊。
二、出疹。患儿在发热期时咽喉发红，待退烧后就会生出白色疱疹，疱疹波及范围包括软腭扁桃体，甚至舌头表面等处。
三、疱疹破溃。随着病情发展，患儿口腔中的疱疹会从最初的白色样疱疹开始破溃，出疹期和疱疹破溃期都会影响患儿的进食，也会影响孩子的情绪，在此阶段，家长应注意护理。
四、愈合期。疱疹破溃后，会很快开始愈合，这也代表，疱疹性咽峡炎即将痊愈。
