阴茎根部长小疙瘩若是毛囊感染所致，可使用外用药物治疗；如果是尖锐湿疣引起，则需要采取药物治疗结合物理治疗进行疣体去除。
1.外用药物
毛囊感染导致阴茎根部长小疙瘩，可通过外用抗感染药物进行消除。使用碘伏进行局部消毒，之后可涂抹一些消炎药膏，例如莫匹罗星软膏、红霉素软膏等。真菌感染者，可配合口服阿莫西林，通常一周左右，疙瘩就会慢慢消除。
2.药物治疗结合物理治疗
尖锐湿疣引起的小疙瘩，则需要到医院采取相应措施进行消除。疣体特别小的情况下，可优先选择药物治疗，可局部涂抹干扰素凝胶，同时口服胸腺肽胶囊或转移因子口服液，以提升抵抗力预防复发。如果疣体较多、稍大，则考虑使用激光、微波手段进行消除，同时局部配合使用阿昔洛韦软膏，3-4周即可完全消除。
